Спеціалісти поділяють хвороби плодових рослин на заразні та незаразні. Перші викликаються всілякими вірусами, бактеріями, і здатні заразити інші дерева. Зокрема, до них відносять плодову гниль, кореневу гниль та загнивання плодів. До незаразних хвороб відносять усі, що пов'язані не з всілякими бактеріями та організмами, але з поганими умовами та доглядом рослин. Зокрема, це недостача поживних речовин у грунті, замало або навпаки забагато сонячного світла, помилки при вирощуванні рослин.
У садових дерев часто уражається кора, яка страждає від мохів та лишайників, що розвиваються на ній. А під відмерлими ділянками можуть поселятися комахи-шкідники. Фахівці рекомендують очищати щороку нижні сучки та штамб дерева від лишайників, мохів і відмерлої кори. Для цієї операції краще всього підійде туманний або дощовий день, тому що волога кора легше знімається з дерева і при цьому відсутній ризик пошкодити живі тканини рослини. Її зчищають скребком, а потім - сталевий щіткою.
Необхідно проводити лікування дерев впродовж всього літнього сезону, так як на рослинах можуть виникати рани, куди потрапляє інфекція. Взимку живі тканини, що опинилися оголеними, можуть промерзати. Тому їх рекомендують замазувати. Для цього можна застосовувати садовий вар. Також підійде суміш коров'яку і садової глини в співвідношенні один до двох. У неї додати дрібно нарізану траву чи солому. Після її нанесення треба обмотати залікованого місце мішковиною. Знімати пов'язку можна тільки навесні.
Якщо в дереві є дупло, то це місце теж може стати джерелом хвороб, так як в нього потрапляє вода, яка після замерзання може розірвати стовбур, накопичуються хвороботворні бактерії. Пізня осінь - найбільш відповідний час для того, щоб провести лікування дерев з дуплами. Для цього необхідно вичистити гниль до живих, здорових тканин. Потім продезінфікувати це місце п'ятипроцентним розчином залізного або трипроцентним мідного купоросу. Можна використовувати розчин марганцівки. Якщо дупло досить глибоке, то його можна закладати битою цеглою і замазати бетонним розчином, або залити розплавленим асфальтом, змішаним з сухими тирсою. Маленькі дупла, які з'являються на молодих деревах, можна забивати дерев'яною пробкою.
Після закінчення зими на стовбурах дерев можна побачити поздовжні тріщини, які називають морозобоїни. Вони виникають із-зі вологи, яка виступає з внутрішніх шарів деревини, застигає від перепаду температур, лопається і утворює на стовбурах глибокі тріщини. Морозобоіна може зарости, але може і викликати появу дупла, а потім і загибель рослини. Тому лікування дерев необхідно.
Велике значення має і профілактика. Наприклад, висаджувати найбільш морозостійкі сорти плодових дерев, вибирати для них такі місця, які краще захищені від морозного повітря. Пізньої осені дерева покривають вапняним розчином, яким білять стовбури та скелетні гілки. Це також допомагає захистити плодові дерева від морозобоїн. Можна обертати стовбури рослин кількома шарами газет або мішковиною.
Навесні, після виявлення морозобоїн, починають лікування дерев і продовжують цей процес щороку до повного загоєння рани. Якщо пошкодження великі, то стовбур можна обернути мішковиною або поліетиленом, щороку необхідно оновлювати обв'язку. Великі морозобоїни вимагають особливого підходу. Для їх заростання можна проводити борознування кори. На садові ножі необхідно зробити позначку-обмежувач, щоб не робити глибоких порізів. Потрібно по колу стовбура провести три-чотири переривчасті борозни. Вони можуть бути по тридцять-сорок сантиметрів. Їх необхідно проводити зверху вниз, починаючи від сука першого знизу і до поверхні грунту.
Для того, щоб лікування садових дерев було ефективним, застосовують і такий спосіб. На рану потрібно накладати подрібнений щавель шаром у півтора сантиметра, а потім забинтувати. Пов'язку необхідно протягом літа міняти. Цей метод лікування дерев допомагає заростити рану і зробити її майже непомітною. Нові пагони поруч з морозобоїнами потрібно зберегти, оскільки вони сприяють надходженню до рани поживних речовин. Допомагає для лікування яблунь щеплення «містком».
У наших умовах плодові дерева нерідко вимагають і хімічного захисту. Найбільш небезпечним для саду є яблуневий квіткоїд, який знищує майже 80 проц. урожаю або й увесь. Серед квіток, що розкрилися в період цвітіння яблуні та груші, у вигляді коричневого ковпачка можна помітити засохлі побурілі нерозкриті бруньки. Якщо їх зняти, то побачимо серповидно зігнуту личинку яблуневого квіткоїда, яка живиться тичинками і маточками, вигризає квітколоже, а речовиною, що виділяє, склеює пелюстки і таким чином не дає бутону розпуститися. Щоб уникнути цього, до початку відкладання яєць, тобто під час розпускання бутонів, слід проводити обприскування дерев.
Для отримання високого врожаю, обов'язково необхідна своєчасна підрізка дерев садової ділянки. Так, при видаленні хворих і неплодоносящіх пагонів, усувається можливість шкідників успішної перезимівлі. Але необхідно не тільки підрізати дерева, а й спалювати всі рослинні залишки з метою запобігання можливого розпосюдження і зараження інших рослин.